蜗牛派答：根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号，以下简称财税〔2016〕36号）的规定，转让土地使用权应当按照销售无形资产-自然资源使用权（土地使用权）缴纳增值税，税率为11%，征收率为3%。但营改增后转让土地使用权，区分营改增取得和营改增后取得，并且在房地产企业和非房地产企业也有所区别：
一、转让2016年4月30日前取得的土地使用权。根据《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》(财税〔2016〕47号)的规定：转让2016年4月30日前取得的土地使用权，不论是一般纳税人还是小规模纳税人，不论是房地产企业还是非房地产企业，均可以选择适用简易计税方法，并且可差额缴纳增值税，即以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。纳税人不选择差额计税的，则应当按取得的全部价款和价外费用按照3%征收率计算缴纳增值税。
二、非房地产企业纳税人转让2016年5月1日后取得的土地使用权。由于现行政策中，对转让2016年5月1日以后取得的土地使用权并无差额纳税的规定。所以，非房地产企业的一般纳税人转让2016年5月1日以后取得的土地使用权或经建造房屋后销售，应当按照以取得的全部价款和价外费用为销售额（不得扣除土地价款），按照11%计算增值税销项税额。非房地产企业纳税人的小规模纳税人转让2016年5月1日后取得土地使用权，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照3%的征收率计算应纳增值税税额。
三、房地产企业转让2016年5月1日后取得的土地使用权。根据《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）的规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。所谓自行开发，是指在依法取得土地使用权的土地上进行基础设施和房屋建设。由此可见，房地产公司销售“自行开发”的房地产项目，在适用一般计税方法的情况下，考虑到受让土地价款不能取得增值税抵扣凭证，采取了一种变通的作法，即支付的土地价款可以抵减销售额。但如果房地产企业中的一般纳税人，2016年5月1日后取得的土地使用权未在依法取得土地使用权的土地上进行基础设施和房屋建设，即将受让土地未进行开发而直接转让，应当按照转让无形资产缴纳增值税，不能从计税销售额中抵减土地价款。房地产企业纳税人的小规模纳税人转让2016年5月1日后取得土地使用权，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照3%的征收率计算应纳增值税税额。
